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干貨連載 | SIMCA16全新火山圖保姆級繪制教程。!

分類:公司動態   發布時間 2021-01-08   閱讀: 3322

火山圖相信大家都比較熟悉,是組學差異指標可視化展現的最常用分析之一。目前繪制火山圖的工具主要是一些在線繪圖軟件或用R語言腳本來繪制,操作方面對于很多非分析專業老師不太友好。那這里不得不提下SIMCA軟件了,它也可以繪制美觀的火山圖,而且操作界面簡單便捷,還可以根據自己的需求調整圖片哦!今天小編就手把手教老師們用SIMCA軟件繪制屬于自己的定制化火山圖哦。要是你手上有需要分析的數據,那就一起動起來吧。!

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準備好需要分析的數據
(按照以下格式進行整理哦)

代謝組學

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SIMCA16軟件登場

2.1 開啟Omics skin功能(File-Options-Simca options-Skins-Enable Omics skin-Yes)

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2.2 Omics skin模式下構建OPLS-DA(參考上期推文“干貨連載 | 最新版本SIMCA16教程來啦!”構建OPLSDA模型)要是差異代謝物已經篩選好,請直接看步驟2.5

2.3 導出算好的P值和Foldchange值

Home——Descriptive statistics

代謝組學

2.4 手動整理作圖需要的log2FC值和-log10P(VIP值導出方法請參考上期推文“干貨連載 | 最新版本SIMCA16教程來啦!”)

代謝組學

2.5 Default模式下導入數據,并保存usp文件

Default模式-File-New-Regular project——導入整理好的數據表格

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2.6 創建火山圖

Home-Create-Scatter——log2FC設置為橫坐標,-log10P設置為縱坐標

代謝組學

2.7 火山圖圖片修改小貼士

代謝組學

圖片代謝組學

OK! 目前為止我們繪制火山圖的初步工作已經做好了,接下來就是重點咯,今天小編給大家介紹兩種火山圖標注方法哦,大家根據需求選擇哦!

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火山圖信息標注

3.1 火山圖繪制方法1

3.1.1 標出P<0.05的peaks

右擊-create-list——對-log10P降序處理——選中-log10P>1.3 (即P<0.05)的peaks

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Scatter Plot頁面-Marked items-Format symbol-Custom1設為紅色,即為所有P<0.05的peaks

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3.1.2 把P<0.05的peaks中log2FC<0的標出

返回到list——對log2FC升序處理——選中log2FC<0(即FC<1)的peaks

代謝組學

回到Scatter Plot頁面,在Format symbol操作界面我們發現會出現Custom2和Custom3,啊呀,小編有點小疑惑,怎么會出現兩個Custom,我們該選哪個呢,來看看怎么回事吧!

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從上圖我們可以一目了然,我們選中了兩個數據集,我們需要做的是把p<0.05且log2FC<0的peaks標成藍色哦。


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好啦,我們已經把P<0.05的peaks上下調信息標注好了,不過要是有老師還想用VIP來篩選(比如VIP>1),那該怎么做呢?我們一起來看看怎么操作。

3.1.3 VIP信息標注

Tools-Find——選中VIP<1的peaks


代謝組學

Scatter Plot頁面-Marked items-Format symbol——Custom4/5/6設為灰色,即為VIP<1的物質

代謝組學

為了讓圖片更加立體直觀,我們還可以根據VIP來標注所有點的大小。

代謝組學

那這樣我們的火山圖就繪制成功啦,來看看這么多顏色的代表意義吧。

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3.1火山圖繪制方法2


哈哈,到這里不要以為結束了哦,我們還有第二種方法來進行繪制。第二種方法主要通過Tools-Find窗口完成火山圖信息標注哦。

這里小編調皮下,先把所有點設置成灰色,再做后續的信息標注。
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3.2.1 標出P<0.05的peaks

Tools-Find——設置選中P<0.05的peaks

代謝組學

代謝組學


這次我們可以先把Custom1設為藍色,即為所有P<0.05的物質。


3.2.2 把P<0.05的peaks中log2FC>0的標出

設置LOG2FC>0——選中符合條件的peaks——將P<0.05且log2FC>0的peaks標為紅色

代謝組學

代謝組學

3.2.3 VIP信息標注

步驟同3.1.3和3.1.4,繪制成最終的火山圖。

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Duang!Duang!到這里我們火山圖就繪制成功啦!不過,小編之前也接觸到部分老師想把重要的代謝物或基因名字在火山圖中標注出來,那我們SIMCA可以幫助你完成這個工作哦!

3.3 火山圖重要指標信息標注

3.3.1批量選擇標注

右擊-create-list:-log10P降序處理,選擇排名前十的peaks進行名稱顯示(為例),老師們可根據自己的需求靈活選擇需要標注的物質哦。

代謝組學
代謝組學


3.3.2手動單個標注

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顯示好名稱,后續我們可以根據自己的需求調整字體格式,使得我們的火山圖更加美觀!

代謝組學


今天小編關于火山圖繪制教程就到這了,是不是很保姆級,大家有木有都get到呢。操作下來大家有木有發現SIMCA整個操作非常靈活便捷,還可以根據自己的需求個性化繪圖。本篇用的代謝組學的數據,當然各大組學(蛋白、轉錄等)和生理生化數據都是可以操作的哦,感興趣和有需求的老師立馬行動起來吧!


暖心的小編會持續為大家推出SIMCA16分析操作干貨哦,下期OPLS分析,大家盡請期待!

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