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技術介紹丨轉錄組學技術路線及研究意義

分類:公司動態   發布時間 2021-03-25   閱讀: 1121

轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。相對于傳統的芯片雜交平臺,轉錄組測序無需預先針對已知序列設計探針,即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測,提供更準確的數字化信號,更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍,是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具;诟咄繙y序平臺的轉錄組測序技術能夠全面獲得物種特定組織或器官的轉錄本信息,從而進行基因表達水平研究、新轉錄本發現研究、轉錄本結構變異研究等。 

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技術優勢

高通量、更精確的數字信號;
在單核苷酸水平對任意物種的整體轉錄活動進行檢測;
分析轉錄本的結構和表達水平的同時,還能發現未知轉錄本和稀有轉錄本;
準確地識別可變剪切和融合基因。

2
技術路線

轉錄組測序的上機流程


轉錄組測序的分析流程

3
技術參數

樣本要求
動物樣品RNA 總量≥10 μL,濃度≥150 ng/μL,RIN≥7,28 S/18 S≥1.0 
植物、真菌樣品RNA 總量≥20 μg,濃度≥250 ng/μL,RIN≥6.5, OD260/280≥1.8, 28S/18S≥1.0 
原核生物RNA 總量≥5 μg,濃度≥65 ng/μL,RIN≥7, 23 S/16 S≥1.0, OD260/280≥1.8 
如上述未提及的樣本,可咨詢銷售工程師。

檢測平臺
測序平臺:Illumina Hiseq4000 或 Hiseq Xten 或 Nova Seq6000 
測序方法:PE150 
測序深度:6G/10G/12G

4
應用方向

植物生長機制的發現及干預;
炎癥發生機制的發現及干預;
表達差異的研究;
基因點突變及多態性檢測。 

5
案例分析

案例一:突變植株的基因GO分析 

為了進一步了解PIF4和PIF5基因調控的基因對LBL的反應,我們進行了全基因組mRNA-seq分析。WT和PIF4/PIF5雙突變幼苗放入短波藍光(LBL)或正常光(WL)中一段時間后,我們發現在WT幼苗中由LBL調控的基因在PIF4/PIF5雙突變幼苗中被負調節。通過GO分析發現這些基因功能與 cell wall modification and organization, cell wall biogenesis, cell growth, and water responses這四個功能相關。

LBL和WL組中:FR引起全局基因表達的不同改變的GO分析 

案例二 TREM2維持小膠質細胞健康代謝的研究 

通過對從攜帶TREM2突變的AD(阿爾茨海默。┗颊咧蝎@得的小膠質細胞和從Trem2- / - (TREM2缺失)的小鼠中獲得的小膠質細胞的研究,發現TREM2的功能缺陷會造成小膠質細胞中的自噬囊泡顯著增多。通過代謝組學和mRNA測序,將Trem2-/- BMDM(小鼠骨髓來源的巨噬細 胞)細胞相對于WT BMDM細胞差異的基因和代謝物進行網絡分析,下調的mRNA和代謝物用綠色連接線或綠色節點表示,上調的mRNA和代謝物用紅色連接線或紅色節點表示 。Trem2- / - BMDM中對稱二甲基精氨酸明顯增加,使得蛋白質分解代謝、ADP-核糖、NAD降解途徑功能增 強。發現這種異常自噬現象產生的原因是小膠質細胞的mTOR信號通路出現異常,從而影響細胞的 ATP水平和生物合成通路。 

轉錄和代謝關聯分析圖

參考文獻 
[1] Pedmale U V, Huang S C, Zander M, et al. Cryptochromes Interact Directly with PIFs to Control Plant Growth in Limiting Blue Light.[J]. Cell, 2016, 164(1-2):233-245. 
[2] Ulland T K, Song W M, Huang S C, et al. TREM2 Maintains Microglial Metabolic Fitness in Alzheimer's Disease.[J]. Cell. 2017, 170(4):649-663.

有興趣采用轉錄組學進行樣本檢測分析的老師,歡迎垂詢服務熱線:400-664-9912,也可在微信公眾號后臺留言給我們。

代謝組學

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