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蛋白質組學 | 生物樣本收集的這些小知識您都get到了嗎? (下)

分類:公司動態   發布時間 2021-05-12   閱讀: 714

蛋白組學樣本多樣化:


2001年2月國際人類蛋白質組組織(HUPO)正式成立;自成立后,推出了HUMAN PROTEOME PROJECT( HPP ):為診斷、預后、治療和預防醫學應用的發展奠定基礎;繼HPP之后,2010年推出了Initiative on Model Organism Proteomes( IMOP):更好地支持旨在改善人類健康和加深人類生物學知識的蛋白質組研究。


隨著HPP和IMOP項目的推出,蛋白組學研究的的樣本類型越來越多,在上篇中我們對組織和生物體液進行的研究,本篇將對介紹培養的細胞、植物、微生物等樣本的收集方法以及小知識。

不同因素對人類生物學的重要性圖示[1]

1
培養細胞篇

懸浮細胞收樣步驟

1. 細胞連同培養基轉移到15 mL 離心管中;
2. 4℃,1000 ×g離心10 min收集細胞(1×107個細胞為宜),棄上清;
3. 收集的細胞用10 ml 預冷的PBS洗3次;
4. 1 ml PBS重懸細胞后轉移到新的1.5 ml離心管中;
5. 4℃,1000 ×g離心10 min收集細胞,盡可能將上清去除干凈;
6. 保證細胞沉淀體積在50 μL以上,用適量PBS重懸;
7. 液氮速凍5 min,保存于-80℃。

懸浮細胞樣本量要求:1*107 cell /sample

蛋白質組學

貼壁細胞收樣步驟

1.每株細胞系培養至90%的濃度,用移液器吸除培養基;
2.加入預熱滅菌的1×PBS(10 cm2的培養皿,2.5 ml)(若用移液槍加,則靠著培養皿壁加入,以免將細胞沖起),平放輕輕搖動1分鐘洗滌細胞,然后棄PBS ;
3. (3,4二選一) 用干凈的細胞刮棒將細胞刮于培養皿的一側(動作要快)將細胞盡量全部轉移至離心管中;(二選一)
4. (3,4二選一)在10 cm2培養皿加入2 ml(根據皿大小按比例添加)0.25 % Trypsin,37°C孵育5 min,再加入3 mL(根據皿大小按比例添加)預熱培養液,并將每個細胞混合物收集在15 mL離心管中,500 ×g 離心5 min。沉淀細胞,去掉上清液。用無菌1×PBS 清洗細胞顆粒一次;
5. 液氮速凍5 min,保存于-80 ℃。

貼壁細胞樣本量要求:: 1*107 cell /sample

蛋白質組學

蛋白質組學

蛋白質組學

2
植物篇

植物樣本收樣步驟

植物樹根、樹皮、樹枝,草本植物、藻類、蕨類,還是莖、葉、花細小種子(如谷物等)等,收集方法如下:

1. 均采用PBS清洗樣品表面泥土或明顯污染物,吸水紙吸去表面液體;
2. 液氮速凍5 min,保存于-80℃。

植物樣本量需求:
根:10 g  
莖葉:5 g  
花:1 g  
種子:1 g   
蛋白質組學

蛋白質組學

蛋白質組學

鮮果肉等收樣步驟

1. 切取鮮果肉,去皮切成 1 cm3左右小塊;
2. 液氮速凍5 min,保存于-80℃。

鮮果肉要求:果肉100 g/sample

3
微生物篇

微生物樣本收樣步驟

1. 測細菌 OD (Mid-log 期),計算 1*107 個菌體所需要的培養液體積;
2. 快速收集細菌培養液,并迅速在 4℃條件下離心(5000 g,10 min)使細菌與培養液分離;
3. (推薦)用0.9%、4°C的NaCl重新懸浮并清洗細胞;
4. 4℃條件下離心 ,5000 g,10 min,離心機收集細胞顆粒;
5. 液氮速凍5 min;
6. 保存于-80℃。

蛋白質組學

微生物細胞樣本量要求:107/sample

4
其他篇

細胞上清收集方法

1. 在收集前改用不完全培養基培養,即用不加血清的培養基進行培養;
2. 待細胞鋪滿80%左右,用移液槍吸取上清;
3. 過濾上清液 (如:0.22 μm濾膜)以去除細胞;
4. 采用冷凍干燥濃縮法進行濃縮:致終體積為5 ml以內;
5. 液氮速凍5 min,保存于-80℃。

細胞上清樣本量要求:
根據蛋白量TMT:100ug以上;
Label free :50ug以上。

蛋白溶液保存方法

蛋白質組學


友情提示:以上樣本量需求僅針對的是常規蛋白組學實驗,如:TMT、Label Free 、DIA等,若需要做修飾蛋白組學,則需要增加3~10倍不等的用量。


蛋白組學部分客戶文章:
[1]Huang Xinyue,Yi Shenglan,Hu Jianping et al. Analysis of the role of palmitoleic acid in acute anterior uveitis.[J] .Int Immunopharmacol, 2020, 84: 106552.( 人CD14細胞)
[2]Wang Xiaojie,Li Li,Zhang Genyi,A proteomic study on the protective effect of kaempferol pretreatment against deoxynivalenol-induced intestinal barrier dysfunction in a Caco-2 cell model.[J] .Food Funct, 2020, 11: 7266-7279.( 人細胞)
[3]Liu Yiwei,Xing Junyue,Li Yongnan et al. Chronic hypoxia-induced  Cirbp hypermethylation attenuates hypothermic cardioprotection via down-regulation of ubiquinone biosynthesis.[J] .Sci Transl Med, 2019, 11: undefined.( 大鼠心臟組織)
[4]Cao Qian,Zhou Dan-Jie,Pan Zheng-Yin et al. CAIXplatins: highly potent Pt(IV) prodrugs selectively against hypoxic tumors via microenvironment and metabolism regulation.[J] .Angew Chem Int Ed Engl, 2020, undefined: undefined.(人細胞)
[5]Liu Danyi,Zhang Lili,Wang Yucong et al. Effect of high hydrostatic pressure on solubility and conformation changes of soybean protein isolate glycated with flaxseed gum.[J] .Food Chem, 2020, 333: 127530.(大豆粉末)
[6]Nie Wen,Zhou Kai,Wang Ying et al. Isolation and identification of bioactive peptides from Xuanwei ham that rescue oxidative stress damage induced by alcohol in HHL-5 hepatocytes.[J] .Food Funct, 2020, 11: 9710-9720. ( 豬多肽溶液) 
[7]Deng Xiangyu,Du Bin,Zhu Fengmei et al. Proteomic analysis of Aspergillus niger 3.316 under heat stress.[J] .Microbiologyopen, 2020, 9: e1012.(黑曲霉真菌)

參考文獻:
[1] Tholey Andreas,Taylor Nicolas L,Heazlewood Joshua L et al. We Are Not Alone: The iMOP Initiative and Its Roles in a Biology- and Disease-Driven Human Proteome Project.[J] .J Proteome Res, 2017, 16: 4273-4280.
[2] Edwards Amanda,Haas Wilhelm,Multiplexed Quantitative Proteomics for High-Throughput Comprehensive Proteome Comparisons of Human Cell Lines.[J] .Methods Mol Biol, 2016, 1394: 1-13.
[3] Martínez-Martín David,Fläschner Gotthold,Gaub Benjamin et al. Inertial picobalance reveals fast mass fluctuations in mammalian cells.[J] .Nature, 2017, 550: 500-505
[4] 宋葆華, 李法曾, 賀新強,等. 107種植物葉蛋白產量及其蛋白質含量比較[J]. 植物資源與環境, 1999, 000(004):52-54.

[5]Barreiro Carlos,Morales Alejandro,Vázquez-Iglesias Inés et al. Intra- and Extra-cellular Proteome Analyses of Steroid-Producer Mycobacteria.[J] .Methods Mol Biol, 2017, 1645: 73-92.

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