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【百趣生物】技術介紹 | 微生物多樣性測序

分類:公司動態   發布時間 2021-05-28   閱讀: 812
微生物多樣性測序(又稱擴增子測序)是一種利用高通量測序技術對PCR所擴增的16S、18S、ITS等微生物物種特征序列的PCR產物進行檢測的研究方法。此類方法不需要對微生物進行分離純化培養,尤其適用于環境微生物等樣本的研究。

1、技術路線
微生物多樣性測序01
2、技術參數

  • 樣本要求
土壤   10g
糞便   300-500mg
血液   10 mL
污泥/沉積物    5-10g
DNA    總量≥1μg、濃度≥20ng/uL
其它樣本請咨詢銷售工程師

  • 檢測平臺
測序平臺:llumina Hiseq 或 NovaSeq 6000
測序策略:PE250
測序深度:5-6萬reads


3、應用方向

  • 醫學領域:常見疾病與人體微生物的關系研究;
  • 動物領域:腸道、瘤胃(如產甲烷菌類群)與動物健康/營養消化研究等;
  • 農業領域:根際微生物與植物互作、農業耕作/施肥處理與土壤微生物群落研究等;
  • 環境領域:霧霾處理、污水治理、石油降解、酸性礦水處理及海洋環境研究等;
  • 特殊極端環境:極端環境條件下的微生物類群研究。


4、案例分析


  • Gut(IF=19.819):時間序列分析研究人在長期密閉環境下的微生態和代謝物變化(可點擊標題閱讀)


  • 巴西大西洋森林兩個熱帶淺水湖泊淡水浮游細菌多樣性的季節性

細菌在淡水環境中對有機和無機物質的循環是非常重要的。然而,對于熱帶系統中浮游細菌的多樣性知之甚少。對熱帶湖泊碳和營養循環的研究表明,其與溫帶氣候有很大差異的季節性。作者利用16SrRNA測序技術,研究了兩個熱帶湖泊浮游細菌群落的季節變化,揭示了季節性和深度高度動態的浮游細菌群落,湖泊混合狀態的差異與季節性β多樣性有關。
微生物多樣性測序02
微生物多樣性測序03



參考文獻:
Avila M P, Staehr P A, Barbosa F A R, et al. Seasonality of freshwater bacterioplankton diversity in two tropical shallow lakes from the Brazilian Atlantic Forest[J]. FEMS microbiology ecology, 2017, 93(1).


5、百趣協助客戶發表文獻
(可點擊標題閱讀原文)

北京婦產醫院:Tianhe Li, Tingting Zhang, Huimin Gao, et al. Tempol ameliorates polycystic ovary syndrome through attenuating intestinal oxidative stress and modulating of gut microbiota composition-serum metabolites interaction. Redox Biology 2021 Feb 03;41. IF=9.986

哈爾濱醫科大學第一附屬醫院:Yun Zhang, Song Zhang, Bolin Li, et al. Gut microbiota dysbiosis promotes age-related atrial fibrillation by lipopolysaccharide and glucose-induced activation of NLRP3-inflammasome. Cardiovascular Research 2021 March . IF=8.168

深圳市綠航星際太空科技研究院:Feng Q, Lan X, Ji X, et al. Time series analysis of microbiome and metabolome at multiple body sites in steady long-term isolation confinement. Gut 2020 September 10. IF=19.819


有興趣采用微生物多樣性測序進行樣本檢測分析的老師,歡迎垂詢服務熱線:400-664-9912,也可在官網留言或咨詢給我們。


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