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生信分析 | 解鎖Venn圖畫法

分類:公司動態   發布時間 2021-10-20   閱讀: 269

Venn圖,又稱韋恩圖或文氏圖,韋恩圖用于展示在不同的事物群組(集合)之間的數學或邏輯聯系,尤其適合用來表示集合(或)類之間的“大致關系”,它也常常被用來幫助推導(或理解推導過程)關于集合運算(或類運算)的一些規律。是一種用于直觀表示元素集合重疊的一種圖形。接下來和大家分享一下韋恩圖的制作方法。


1.在線Venn圖的解鎖

(1)jvennhttp://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

第一步(界面打開鏈接是這樣的。

第二步:(數據輸入)左側輸入數據,這里也可以導入文件,輸入文件為文本文檔。在輸入對應組合名時,組合名不能超過11個字符。

第三步:(釋義與數據導出)在上圖紅框中輸入數據,即可得到兩個數據集的交集基因,如不需要柱狀圖,可通過將下圖紅框中設置為"NO",同時通過點擊黃框中的英文即可得到圖像及相應的文件。

(2)Draw Venn Diagramhttp://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

第一步:(界面)打開首頁是這樣的。

第二步:(數據輸入)左側輸入數據,這里既可以導入文件,也可以直接輸入組合的列表,如果輸入框不夠,可以點擊"Add"添加新的輸入框。右側可填寫對應組合的名稱。

第三步:(數據導出)上傳數據,命名好組名并點擊"Submit",即可得到結果。最后,就是下載結果。


在線Venn圖小結

jvenn和Draw Venn Diagram兩個Venn圖網站各有優缺點。jvenn只能畫少于6組的Venn圖且會限制組名的長度,Draw Venn Diagram能夠畫大于6組的圖像。


2、R語言代碼Venn圖的解鎖

(1)首先展示一個使用R的VennDiagram包繪制常規韋恩圖的方法,該包適用于2<=樣本數<=5的情形。通常韋恩圖所展示的樣本數量不會超過5,因為當樣本數量大于5時,繪圖結果將難以觀測。因此對于VennDiagram包來講,它所支持的樣本數量也是最多為5個。其實不止R的VennDiagram包,其它可繪制韋恩圖的R包或除R外的其它繪圖工具等,一般也不支持樣本數大于5個的情形。

第一步:Venn圖數據整理

第二步:Venn包加載及畫圖函數參數設置

結果展示:


(2)面對多于5個樣本的數據,大家可以使用叫"venn"的R包,它最多可支持7個樣本的韋恩圖。

第一步:Venn圖數據整理

第二步:Venn包加載及畫圖函數參數設置

結果展示:

Veen圖數據下載鏈接:

https://pan.baidu.com/s/1eVfBudXRVX6QRvEjHUmy2A

提取碼:hwzt

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