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代謝組學兩種常見圖形制作分享

分類:公司動態   發布時間 2020-05-18   閱讀: 2201

趣粉:小編,請問文獻里面的美圖是如何制作出來噠?比如韋恩圖、箱形圖等。

小編:呀,咱們可真是心有靈犀一點通呢,本期小編邀請到了BIOTREE的明星老師杜杰手把手教大家制作這兩種圖片呢。話不多說,趕快學起來吧!

1
韋恩圖制作

分析網站鏈接:http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

首先,進行網站,導入下圖箭頭所指相關案例數據。

代謝組學

代謝組學


上圖箭頭所指均可自由編輯哦,這里顯示輸入了6組不同數據集(網站目前上限數據集為6組哦~)。友情提醒,如果是代謝組學數據,那一般只需導入代謝物質名稱或編號就可以啦。

代謝組學

韋恩分析結果展示如上圖(左),如需調出右圖中的單組對應信息內容,則鼠標左鍵點擊選中相應數字即可,不要太方便呀~

代謝組學

當然,如果只要三組數據集的韋恩圖展示,那么,我們只需輸入三個對應的list數據集就可以啦~,這不香嘛~

代謝組學

接下來,還可對圖形進一步調整展示。比如:圖形展現形式、圖形字體類型、大小等,根據需求靈活調整就可以了。

代謝組學

最后,調試好分析出來的圖形和表格結果進行本地下載保存,可千萬別忘了哦~

Tips:如果需要展示的數據集超過6組的話,咋辦?給大家推薦一個數據集合可視化神包—UpSetR,感興趣的小伙伴們可自行搜索查詢~

2
箱線圖制作

分析代碼包:ggplot2 & ggpubr

以iris數據集為例,首先在Rstudio里載入ggplot2和ggpubr兩個包(相關包安裝教程可參考:http://www.bioconductor.org/install/),同時查看下iris數據集的表頭信息,這里選取"Sepal.Length"作為關注變量來繪制不同組間箱線圖含量表達展示。

代謝組學

首先,繪制兩組間的箱線圖結果,如下圖:

代謝組學
代謝組學


如果需要在圖中顯示不同的樣本散點和橫縱坐標標題,則代碼添加如下:


代謝組學

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有時需要在兩組間添加檢驗計算的p值,這里以T檢驗為例,則只需添加計算函數stat_compare_means(method = "t.test")

代謝組學

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當然,如果要把T檢驗的方法調整成秩和檢驗,則
代謝組學

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倘若需做三組(或三組以上)箱線圖展示,同時加上Kruskal-Wallis多組檢驗結果及post-hoc兩兩比較結果,則

代謝組學

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最后,每組的分組顏色如果要自由定義設置,那么代碼調整如下:

代謝組學

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教完收工~


如需代碼可以在微信公眾號后臺留言:姓名+單位+手機+郵箱+代碼。如有其它問題也可在下方直接留言,看完覺得不錯記得“在看”哦,也歡迎大家轉給需要的小伙伴們!


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