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第一屆全國代謝組學及蛋白質組學雙星峰會線上問答集錦

分類:公司動態   發布時間 2020-08-25   閱讀: 955

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問:夏教授好,請問在代謝物篩選方面您有比較好的策略可以分享嗎?比如您的兩個實驗中前列腺素E2和甜菜堿這些代謝物是如何在大量代謝物中被篩選出來,且與生殖毒性密切相關的?謝謝。

答:是采用與生殖毒性有關的病例對照研究設計,通過較大樣本人群生物樣本的代謝組,對差異代謝物進行分析,按一定標準篩選關鍵差異代謝物。是常用設計。

2
問:夏老師您好,請問你們實驗室做代謝組學是有建自己的標準品庫嗎?一般做non-targeted profiling analysis是哪些檢測手段呢?

答:是的。我們有自己的庫。傳統non-target先采用代謝物全譜掃描,然后用統計分析篩選差異信號,最后用公共數據庫比對進行可能的代謝物鑒定。要求更高的可以采用標準品進行進一步鑒定。

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問:怎么通過已知的二級譜圖來推算類似的代謝物呢?這樣鑒定出來的代謝物是只能確定結構嗎?還是能夠鑒定這個物質到底是什么?

答:如果老師手上有自己打出來的譜圖,可以去類似PUBCHEM之類的公共數據庫檢索搜庫,如果僅想通過二級譜圖去鑒定物質通常難度會較大。

4
問:請問非靶差異代謝物用二級圖譜比對后,還需要做進一步驗證嗎?比如買標準品、靶向驗證這些?CCS是不是在鑒定未知代謝物的意義更大呢?

答:非靶之后最好還是要做一下標準品的靶向驗證的,非靶存在一定的假陽性。CCS對于鑒定已知代謝物也可以提高鑒定的準確性。

5
問:朱老師,您提到人類有10萬個代謝產物/小分子,這個數目,是包括各種細菌分泌的嗎?還是我們人體細胞endogenous 的metablite 就有十萬個?如果分開,體內細胞自己合成有多少個,或者單個細胞你感覺有多少個?

答:10萬個數目來自HMDB(human metabolome database)收錄的小分子代謝物數目,是指在跟人相關的生物樣本中(比如血液、尿液、糞便、人體細胞、人組織等)檢測到并文獻報道過的小分子代謝物。

體內細胞合成的代謝物沒法估計,目前以KEGG為例,大致在數千個到1萬種左右,但是肯定存在大量未知代謝物。

單細胞目前大致能檢測的代謝物約為幾十個到上百個代謝物。但是實際數目肯定遠遠超過能檢測到的。

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問:唾液等體液可以做代謝組學么?

答:可以做,我們目前就有唾液樣本的代謝組學項目在跟進,我們也有成熟的唾液樣本收集方法,可以聯系BIOTREE當地對應銷售工程師。

7
問:請問吳總在數據處理的矯正分析中,LOESS和SVR算法那一種算法效果更好,國內外對于這兩個算法的公認性如何,謝謝!

答:從SVR文章中給出的數據上來看,SVR優于LOESS。但是LOESS是一個很經典的算法,新出的算法都要和它對比一下才行?梢哉fLOESS是公認性最高的算法,但是不一定是最優秀的,因為新算法推出來需要時間檢驗,如果全面優于LOESS,那么就會取代掉LOESS成為新一代的經典。

8
問:請問同一個體的不同樣本(比如同一個人的血、尿、便等)的研究如何質控呢?這種多樣本的數據如何進行分析解讀呢?是進行不同樣本間數據的關聯性分析嗎?謝謝。

答:每一種樣本單獨做質控。數據分析方法很多,關聯分析挺經典的。也可以單獨分析后找到差異代謝物,看看這些物質在不同樣本之間有什么聯系,等等。

9
問:同位素內標正負離子模式各8個去監控成百上千個不同濃度離子特征,是否會過少?

答:理論上講,每個物質都需要其對應的穩定同位素內標進行質控,但是這并不現實,因為很多feature根本無法知道是什么物質,知道了是什么物質也不一定買的到標品,買的到標品也不一定買得到穩定同位素標品,買的到穩定同位素標品的話也不一定買的起,買的起也用不起......所以有選擇性地(比如在前中后保留時間上都要有內標出峰)選取少數幾個物質來進行質控,排除掉“一部分”問題就足夠了。不能奢望一條標準搞定所有,所以我們質控體系除了穩定同位素內標之外還有QC樣本進行質控等其他手段。不同的手段質控的范圍、時間段、角度都是不同的,從而避免掉絕大部分錯誤。

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問:您好,想請問下,如果要做代謝組學,在前期收集樣本時,如人的尿液或者血液等,是根據不同的研究目的有不同的收集時的注意事項,還是只要是做代謝組學,樣本的收集都一樣,樣本收集時有什么要求嘛,比如量、是否加入其它試劑、溫度等。

答:絕大部分情況下,代謝組學樣本收集只需要注意“淬滅”、“避免反復凍融”就足夠了。如果待研究的代謝物比較特殊,比如見光易分解,需要針對性地做特殊處理。樣本收集的量、溫度,取決于研究目的,歡迎咨詢當地BIOTREE的銷售工程師,可以免費提供詳細收樣方法的資料和咨詢服務。

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問:請問如果針對大隊列,若有針對特殊樣本建庫需求,這個建庫的樣本量多少為宜?

答:不明白“建庫”是一項什么樣的工作,如果只是拿很多人份的樣本pool在一起的話,個人認為至少200人份,推薦500人份以上,否則代表性不強。如果問庫的體積,這個取決于待檢測樣本數量。

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問:在PPT開端,姚老師有提到到這個慢性疲勞綜合征,不過后面是對二至丸成分效用的分析,不知道姚老師課題組是否有對這個CFS疾病的診斷和機理方面有后續研究方向和結果呢?

答:慢性疲勞綜合征只是為了引出亞健康,二至丸在治療這些亞健康癥狀上有一定作用,跟疾病診斷沒有關系。

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問:老師您好,多組方的復方制劑研究,應用血清藥理去解釋的話,您是有什么好的想法以及展望。畢竟多組方的研究,過多的干擾因素以及考慮的多。

答:利用含藥血清給細胞上藥,就是為了減少直接中藥提取物給藥對細胞造成的傷害,恰恰是為了減少干擾。要說明的一點是,這里我們并沒有用血清藥理研究手段,而只是用了含藥血清代替原來的直接給藥,含藥血清雖然現在爭論仍然很多,但是也是目前可以折中的一種方式,可以被大多數學者接受,當然最好是單體給藥了,但是又有一個新問題,就沒有了中藥多成分之實了。

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問:超靈敏的代謝組方法一針最多檢測多少代謝物?

答:我司項目經驗,通常LC-MS血漿類樣本正負離子在一起大約能定性出來500-800二級定性物質。

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問:請問段教授癌癥在中醫角度屬于什么癥候?

答:這是個很大的復雜問題。簡單的說,癌癥在中醫角度,可能涵蓋在不同的證候中。中醫對癌癥的認識相當早,有諸多證候都與癌癥(最早稱之為巖)有關聯。請注意,證候不是癥候。

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