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干貨分享丨代謝組學三個常用網站使用介紹

分類:公司動態   發布時間 2020-10-20   閱讀: 3481

話不多說,直接進入使用實操主題~

1
KEGG代謝通路分析

手頭有一些關注或挑選到的重要差異代謝物質,該如何針對這些物質尋求相關的代謝通路信息呢?

分析網站鏈接:https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html

首先,進行網站,導入下圖箭頭所指相關案例數據


上圖箭頭所指選取了網站默認提供的Homo sapience pathway數據。小編提醒,這里輸入的代謝物質或基因名稱格式應為網站對應K/C開頭的編號。



接下來,鼠標左鍵點擊選中相應Exec即可,不要太方便呀~


從返回的結果中,可以看到生成的代謝通路數量總共11條,同時,每條通路的顯示形式為通路編號+代謝通路名稱,通路后面小括號里的數字表示當前通路的差異物質/基因數目,如果想要具體知曉哪些物質/基因,則只需點擊“Show matched objects”,如下圖所示:



接下來,還可對每一條生成的代謝通路進行理解分析,以Biosynthesis of amino acids為例,鼠標左鍵點擊該通路信息,則有


進一步,點擊當前代謝通路圖上方對應的Help按鈕,可幫助我們針對通路的形成做具體的了解掌握。最后,通過 Image (png) file對通路分析結果圖形進行本地下載保存,可千萬別忘了哦~


Tips:如果要綜合多條代謝通路分析的結果,咋辦?這里小編推薦一個合并的參考方法,針對那些同時參與多條通路分析的代謝物質,可將它們作為通路間連接合并的橋梁~

2
代謝物ID號批量轉換查詢


如何快速方便的找到物質對應的一些常見數據庫索引號呢,例如上面提到的kegg通路分析所需的KEGG ID號(以C開頭的)?

分析網站一鏈接:https://www.metaboanalyst.ca/MetaboAnalyst/upload/ConvertView.xhtml

以網站提供的代謝物名稱為例,這里需要注意的是如果物質名稱帶有古希臘字母信息,類似α、β等需分別用alpha、beta等進行替換。


接下來,選擇對應的輸入類型為“Common Name”,點擊Submit,進行結果匹配:


在生成的結果匹配表里,可以看到每個輸入物質對應的HMDB、KEGG等數據庫編號。同時,針對有黃色標記的模糊匹配到的物質結果,可進一步點擊Details欄對應的View進行候選結果查看。


最后,可點擊上圖的here鏈接進行匹配表格結果的保存下載。

當然,如果想要批量獲取得到物質對應的CAS/ InChIKey等編號,該怎么辦呢?

分析網站二鏈接:

http://cts.fiehnlab.ucdavis.edu/batch

進入網站,左側輸入上面轉換得到的KEGG ID號,在右側分別選擇CAS和InChIKey兩種生成的編號信息,見下圖:


選擇好后,點擊Convert,則


最后,生成的匹配表格進行保存本地下載。


教完收工~

happy


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